في المادة الثانية من اللائحة الموحدة لوحدات المراجعة الداخلية في الأجهزة الحكومية والمؤسسات العامة تم وضع أهداف المراجعة الداخلية ، وبناءً على ذلك نستطيع أن نوضح أن هناك :-
١- أهداف تتعلق بالحماية : وهي توضح أن وحدة المراجعة الداخلية تعمل لحماية أصول الجامعة بجميع أنواعها ، بالإضافة إلى ذلك حماية النظم والإجراءات المالية والمحاسبية والتأكد من استغلال الموارد المتاحة للجامعة بالطريقة المناسبة ،أيضًا متابعة سير الخطط المعتمدة في الجامعة لتحقيق الحماية المنشودة.
٢ - أهداف تتعلق بالتطوير: وهي توضح أن وحدة المراجعة الداخلية تعمل كجهة إرشادية تقوم بفحص ومراجعة ومتابعة وتحديد وتحليل النتائج حتى تضع الحلول المناسبة ، ويتم بعد ذلك رفع التوصيات والمقترحات إلى الإدارة لأخذ الإجراء المناسب في ذلك.